A talajban és a komposztban élő mikróbák alapvetően nedves körülmények között élő paránylények. Hogyan lehetséges az, hogy egy száraznak tűnő talajban mikróbák csilliárdjai élnek és virulnak? A talajszemcséket és a szerves anyagot, sőt gombafonalakat és a növények gyökereit (magyarul mindent, ami szilárd) is egy ún. biofilm réteg von be, amelyben a mikróbiális élet csaknem 99%-a zajlik. A biofilm egy főleg baktériumokból és vízből álló leves, amiben egyebek mellet a baktériumok által termelt poliszacharidok, fehérjék és nukleinsavak vannak. Ebben tobzódnak tömegesen a különböző fajokat is tartalmazó baktérium csoportok.
Különböző baktérium fajokat tartalmazó biofilm. Forrás: Burmølle M., Kjøller A., Sørensen S.J. (2011) Biofilms in Soil. In: Gliński J., Horabik J., Lipiec J. (eds) Encyclopedia of Agrophysics. Encyclopedia of Earth Sciences Series. Springer, Dordrecht
Azon túl, hogy a biofilm viszonylag stabil, a kiszáradásnak jól ellenáll, és védett körülményeket biztosít mikroszkópikus barátainknak (akik a biofilmben élnek, esznek, és haláloznak el), más fontos aspektusa is van. A biofilm fokozza a baktériumok antibiotikumok és más toxikus anyagokkal szembeni ellenállását. Sőt, itt optimálisak a körülmények arra, hogy a baktériumok egymással kommunikáljanak (quorum sensing) és örökítő anyagot cseréljenek, ehhez ugyanis szükség van egy kritikus tömegre, amit a biofilm lehetővé tesz.
És ha vannak baktériumok, akkor nyílván más mikróbák is élnek itt, akik őket (és egymást) eszegetik: pl. protozonok, fonalférgek, akik szintén vizi élőlények.
A biofilmek cseppet sem elhanyagolható funkciója a talajszemcsék egymáshoz ragasztása. A mikroaggregátumok képződéséhez a baktériumok által kiválasztott poliszacharidok a legfontosabb ragasztó anyagok.
Az alábbi videó gyönyörűen szemlélteti ahogy egy gomba (Cunninghamella elegans) hifáját körülölelő biofilmben miként mozognak a baktériumok (esetünkben Pseudomonas putida).